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スキャナとは、走査（スキャニング）と呼ばれる動作を行い情報をビット単位に読み取る物を指す。そのため機構が複雑になり、装置の大きさも必然的に増すことになるが、光路長が長くとれるために焦点深度が深く、原稿が原稿台に密着していなくてもピントが合いやすい。またCISと異なり白色光源を用いているためRGBを同時に読み取ることができることから、CISよりも高速な読み取りが可能になる。ChargeCoupledDevices(CCD)光学縮小方式光源を白色蛍光ランプとし、複数のミラーとレンズを用い、光束の反射・集約を繰り返した後に原稿からの光を光学系で撮像素子であるCCDイメージセンサに導くもの。カラー原稿をモノクロで読み取る際にはR・G・Bの内のいずれか一つのみを点灯させて読み取るため、読み取れない色がある点に注意が必要である（どの色が読み取れないかはその機種毎に異なる）。苦手としてきたフィルムスキャンであったが、最近では光源を工夫してフィルムスキャンができる機種も出てきている。CCDタイプと異なりLEDの光源特性で色選別（分光）を行っているために色再現性は劣る。反射型の場合、原稿台側から光を当てその反射光を撮像素子で電気信号に変換する。透過型の場合、原稿台カバーから光を当てその透過光を撮像素子で電気信号に変換する。ContactImageSensor(CIS)密着センサー方式光源にRGBの発光ダイオード(LED)を用いたもので、R・G・Bをそれぞれ高速に切り換えてロッドレンズアレイを通して撮像素子であるCMOSイメージセンサに原稿からの光を直接的に導くような仕組みのもの。撮像素子を固定しておき、原稿を移動させる。複数の原稿の読み取り時に、自動的に原稿を入れ替えることができる。また、フラットベッドタイプで自動原稿送り装置を装備したものもある
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